Согласно правительственному заданию, истребитель Е-152 предназначался для перехвата и уничтожения самолетов противника, летящих со скоростями до 1600 км/ч на высоте 10000 м и со скоростями до 2500 км/ч на высоте 20000 м и выше на встречно-пересекающихся курсах.
Еще до испытаний Е-150 в ОКБ-155 начали разрабатывать сразу две его модификации. По внешнему виду перехватчики Е-152 и Е-152А были очень похожи, и отличались только хвостовой частью фюзеляжа. Первый из них - Е-152 - имел силовую установку, состоящую из одного двигателя Р15-300. Е-152А - два серийных двигателя Р11Ф-300. В постройку заложили два опытных экземпляра самолета Е-152 и один экземпляр Е-152А.
Крыло обеих машин в первоначальной стадии проектирования по своим геометрическим размерам и конструкции было аналогично крылу Е-150.
Обе новые модификации перехватчика были рассчитаны на подвеску ракет средней дальности К-9, однако отличались бортовыми радиолокационными станциями. Если Е-152 был спроектирован под установку станции «Ураган-5Б», то на Е-152А планировали установить новую РЛС типа «ЦП-1», также предназначенную для работы в системе перехвата «Ураган-5».
С учетом рекомендаций летчиков-испытателей ОКБ-155 А.В.Федотова и Г.К.Мосолова, проводивших летные испытания опытных Е-150 и Е-152А, а также материалов испытаний, на самолете пришлось ввести целый ряд конструктивных изменений по сравнению с первоначальным вариантом эскизного проекта. Площадь крыла Е-152 увеличили с 34 до 40 м2 за счет большей концевой хорды, а стреловидность по передней кромке при этом уменьшилась до 53°47' (относительная толщина у корня составляла 3,5%, на концах - 5%). Законцовки имели большой срез, к которому крепились пилоны подвески ракет К-9 (большая концевая хорда была необходима для увеличения жесткости подвески ракет). В итоге форма крыла в плане стала трапециевидной. Конструкторы таким образом рассчитывали уменьшить удельную нагрузку на крыло, устранить тряску законцовок и вибрацию элеронов.
Изменение конструкции крыла позволило увеличить колею шасси, что обеспечивало повышение устойчивости самолета при маневрировании на аэродроме. Путевую устойчивость самолета решили повысить увеличением хорды киля и площади подфюзеляжного гребня (таким образом повышалась общая эффективность вертикального оперения). В нижней части фюзеляжа располагался один тормозной щиток, а в хвостовой части (в корне подфюзеляжного гребня) - контейнер с тормозным парашютом типа ПТ-5605-58.
Все рулевые поверхности имели гидравлическое управление. Гидросистема работала на гидросмеси АМГ-10 при давлении 210 атмосфер. Система катапультирования обеспечивала защиту летчика фонарем.
Первый установленный на самолете двигатель Р15-300 развивал тягу на максимальном режиме до 6620 кг, на форсаже - 9935 кг. Е-152, как и Е-150, для резкого кратковременного повышения тяги был оборудован эжектором. Топливо размещалось в шести фюзеляжных, а также передних и задних крыльевых баках. Общая емкость топливной системы составляла 4930 л. Под фюзеляжем мог подвешиваться дополнительный бак на 1500 л.
Е-152 имел такую же конструкцию воздухозаборника, как и Е-152А. Воздухозаборники большого диаметра имели центральное тело - радиопрозрачный конус, который, в отличие от конуса на Е-150, был неподвижным. Подача воздуха в двигатель регулировалась не выдвижением конуса (эта система была хорошо отработана на всех предыдущих типах опытных перехватчиков), а движением вперед-назад переднего кольца-обечайки воздухозаборника. Подвижная обечайка, скользившая по наружной части фюзеляжа, двигалась по четырем направляющим при помощи гидропривода. В зависимости от скорости обечайка фиксировалась в трех положениях. Таким образом менялась площадь сечения входного отверстия.На цилиндрическом основании конуса располагалась перфорированная зона для слива пограничного слоя с целью повышения коэффициента восстановления полного давления перед компрессором.
Первый опытный экземпляр перехватчика Е-152-1 (машина имела красный бортовой номер «152-1») перевезли из сборочного цеха опытного производства на испытательный аэродром 16 марта 1961 года. Перед первым полетом вместо РЛС в носовой части фюзеляжа установили центровочный груз весом 263 кг. 21 апреля самолет впервые поднял в воздух Г.К. Мосолов. С 21 апреля 1961 года по 8 января 1962 года, а затем с 20 марта по 11 сентября 1962 года было выполнено 67 полетов, из них 51 полет - без ракет, пять полетов (30-й и с 39-го по 42-й) - с макетами ракет К-9, и 11 - без концевых АПУ. Все взлеты перехватчика выполнялись при включенном форсаже. В четвертом полете центровочный груз не устанавливался.
Максимальная скорость с ракетами на высоте 16200 м составила 2650 км/ч (взлетный вес при этом был равен 14730 кг). Без подвесок высоту 15000 м Е-152-1 набирал за 4 минуты 44 секунды, а с подвеской ракет - за 5 минут 55 секунд. Высоту 22000 м - соответственно за 6 минут 40 секунд и 8 минут 50 секунд. Без вооружения потолок достигал 22680 м.
7 октября 1961 года летчик-испытатель А.В.Федотов установил мировой рекорд скорости на замкнутом 100-километровом маршруте. Средняя скорость составила 2401 км/ч. 7 июня 1962 года Мосолов установил на этой машине абсолютный мировой рекорд скорости полета на базе 15-25 км - 2681 км/ч (2,52М), а 11 сентября П.М.Остапенко - высоты в горизонтальном полете - 22 670 м. В протоколе ФАИ об установлении рекордов самолет был указан как Е-166 с двигателем П-166 со статической тягой 10000 кгс.
На таких скоростях температура острия конуса воздухозаборника достигала +300°С, в то время как за бортом было -60°С. После 44-го полета (в нем была достигнута скорость, соответствующая числу М=2,28 на высоте 19300 м) была обнаружена поперечная трещина фонаря кабины в его задней части. Причиной стало местное ослабление материала (стекла) и концентрация температурных деформаций.
Испытания постоянно прерывались из-за неполадок в силовой установке. На машине сменили пять двигателей, но ни один из них не работал надежно.
На втором опытном экземпляре Е-152-2 попытались устранить недостатки, выявленные в процессе летных испытаний Е-152-1. Он отличался двумя особенностями. Первая заключалась в том, что для увеличения запаса продольной устойчивости изменили порядок выработки топлива. Вторая - в том, что улучшили систему отсоса пограничного слоя с перфорированной поверхности носового конуса воздухозаборника.
Топливая система самолета, как и на первом опытном экземпляре, состояла из шести фюзеляжных и четырех крыльевых баков общей емкостью 4930 л. Под фюзеляжем также можно было подвешивать один подвесной топливный бак емкостью 1500л.
Основным элементом системы аварийного покидания самолета являлось катапультируемое кресло СК-2. В качестве основного оборудования использовались (или должны были использоваться, но не были установлены) УКВ-радиостанция РСИУ-5 («Дуб-5»), автоматический радиокомпас АРК-10 («Ингул»), ответчик СРО-2М («Хром»), дальномер СОД-57МУ, автопилот АП-39, бортовая аппаратура системы «Смерч» («152-У»), РЛС «ЦП-1” и другие приборы. Вооружение Е-152-2, как и на первом экземпляре, состояло из двух ракет К-9-155, пусковые устройства которых располагались на законцовках крыла.
Е-152-2 поступил на летную станцию 8 августа 1961 года, а 21 сентября состоялся его первый полет. В отличие от первого экземпляра, на машину планировали установить систему вооружения «Смерч» (впоследствии внедренную на перехватчиках Ту-128 и МиГ-25П) с РЛС «ЦП-1». После 16-го полета в начале июля 1962 года испытания, проводимые летчиком ОКБ П.М.Остапенко, были прекращены из-за постоянных неполадок в силовой установке. И на этом самолете двигатель Р15-300 работал ненадежно. На первом из установленных двигателей произошел прогар лопаток. На втором, третьем и четвертом постоянно происходила утечка масла в полете. В отчете по заводским испытаниям отмечалась надежная работа автоматики подвижной обечайки воздухозаборника. В полетах поведение самолета было проверено до скорости 2740 км/ч и до высоты 22500 м без подвесок, а также до скорости, соответствующей числу М=2,28 на высоте 18000 м с двумя макетами ракет К-9 на законцовках крыла. Пилотирование самолета Е-152-2 практически не отличалось от пилотирования Е-152-1.
Закрытие программы испытаний ракет К-9 привело к прекращению полетов на Е-152-2. Летные испытания этой машины были выполнены в объеме 60%. Самолет решили переоборудовать в новый вариант Е-152П, который был задуман как базовый самолет для разработки истребителя-перехватчика с более совершенной системой навигации и перехвата.