В условиях резкого снижения государственного финансирования, когда массовые закупки новых самолетов МиГ-31М стали практически невозможными, в 1997 году начались работы по модернизации истребителя-перехватчика МиГ-31Б в многоцелевой самолет МиГ-31БМ, имеющий значительно увеличенные боевые возможности. Машину оснастили системой управления вооружением, модернизированной с использованием технического задела, полученного в ходе работы по созданию СУВ «Заслон-М». Если раньше самолеты этого семейства классифицировались лишь как дальние истребители-перехватчики, то новый МиГ стал многоцелевым самолетом, несущим высокоточное оружие для поражения как воздушных, так и наземных целей. За счет модернизации БРЭО и вооружения эффективность МиГ-31БМ по сравнению с МиГ-31 выросла в 2,6 раза.
12 января 1999, одновременно с показом «таинственного» МФИ, «микояновцы» впервые выкатили МиГ-31БМ на всеобщее обозрение.
БРЛС «Заслон» доработан НИИП совместно с «Русской авионикой» до уровня, близкого техническому уровню комплекса «Заслон-М», созданного для самолета МиГ-31М, так и не пошедшего в серию. Станция МиГ-31БМ способна обнаруживать типовые воздушные цели на почти вдвое большей дальности Дальность обнаружения воздушных целей класса «истребитель» доведена до 320 км, а дальность их поражения - до 280 км. В ходе испытаний продемонстрирована возможность уничтожения самолетов противника в дальнем ракетном бою на дистанции порядка 280 км, что в настоящее время недоступно ни одному зарубежному истребителю. Для сравнения, лучший американский перехватчик Нортроп-Грумман F-14D «Томкэт» способен поражать воздушные цели на дальности не более 180 км. Бортовой радиолокационный комплекс МиГ-31БМ способен одновременно сопровождать до 10 воздушных целей, 6 из которых могут быть одновременно обстреляны ракетами Р-33С или Р-37 (последние - на дальность до 280 км). Достигнута возможность перехвата целей, летящих со скоростью, соответствующей М=6, улучшены другие характеристики комплекса.
АО «Русская авионика» разработана для него принципиально новая компоновка обеих кабин. Основным недостатком прежней компоновки являлось отсутствие у летчика информации о тактической обстановке: командир не знал, что делает штурман. Теперь в передней кабине с правой стороны приборной доски установлен многофункциональный ЖК-индикатор размером 6х8 дюймов (аналогичный использованному на МИГ-29СМТ). Более существенным изменениям подверглась кабина штурмана-оператора, в которой расположено три таких индикатора, на которые может выводиться самая разнообразная информация (тактическая, навигационная, радиолокационная, «картинки» телевизионных датчиков управляемых средств поражения и т. п.). Самолет получил также индикатор на лобовом стекле, заменивший прежний ППИ. Навигационный комплекс, которым оснащается модернизированный МИГ-31, в значительной степени унифицирован с МИГ-29СМТ (в его состав входит приемник спутниковой навигации).
Представленный на показе в Жуковском самолет МиГ-31БМ нес на подфюзеляжных конформных узлах подвески четыре ракеты типа Р-33С дальнего действия с радиолокационным наведением и одной противорадиолокационной УР Х-31П, подвешенной под левой консолью. Помимо УР класса «воздух-воздух» большой дальности новая модификация «мига» оснащена и наиболее совершенными в настоящее время ракетами средней дальности РВВ-АЕ(до 4 единиц), которые разместились на подкрыльевых узлах. Сохранены в составе комплекса вооружения и мощные ракеты типа Р-40ТД (две), доставшиеся МиГ-31 «по наследству» еще от перехватчика МиГ-25П.
Модернизированные варианты самолета могут оснащаться противорадиолокационными ракетами Х-31П, Х-25МП или Х-25МПУ (до шести единиц), противокорабельными УР X-31А (до шести), ракетами класса «воздух-поверхность» Х-59 и Х-29Т (до трех) или Х-59М (до двух единиц), до шести корректируемых авиабомб КАБ-1500 или до восьми КАБ-500 с телевизионным или лазерным наведением. Максимальная масса боевой нагрузки составляет 9000 кг.
Бортовое оборудование самолета МиГ-31БМ обеспечивает возможность эффективного взаимодействия с зенитными ракетными комплексами ПВО. Кроме борьбы с воздушными и наземными целями этот самолет может использоваться и в качестве своеобразного воздушного командного пункта, координирующего действия истребителей других типов, оснащенных менее мощными радарами. Оборудование МиГ-31БМ обеспечивает и весьма «экзотические» сценарии боевого применения истребителей. Так, перехватчик может наводить на воздушные цели ракеты, запущенные с борта других истребителей, сближающихся с противником на дистанцию ракетного залпа в режиме радиолокационного молчания. В ряде боевых ситуаций подобная тактика может существенно повысить эффективность истребительной группы. МиГ-31 в настоящее время является единственным в мире серийным самолетом, способным эффективно бороться с малозаметными и маловысотными крылатыми ракетами типа ALCM или «Томагавк», Подобные цели он способен поражать с первого захода. Как считают российские специалисты, если бы Ирак в ходе операции «Лиса пустыни» зимой 1998-99 годов располагал самолетами МиГ-31, целей на территории этой страны достигло бы не более 10 % американских и английских крылатых ракет.
На экспортном варианте этого истребителя - МиГ-31ФЭ - могут устанавливаться и интегрироваться с российскими системами образцы вооружения и оборудования западного производства.
Истребители МиГ-31БМ из Центра боевого применения в Савостлейке, совместно с другими самолетами, в 1998 году уже принимали участие в научно-тактических учениях, где в ходе одного вылета, сопровождавшегося нескольким дозаправками в воздухе, каждая машина решала ряд различных боевых задач.
Первоначально фирма Микояна из-за малых шансов получить заказы на этот самолет от собственных ВВС предложила его Китаю и Индии. Но сейчас, по словам Главнокомандующего ВВС, в вариант МиГ-31БМ будут дорабатываться практически все российские МиГ-31. Истребители этого типа, обладающие уникальными боевыми возможности, планируется сохранить в боевом строю, по крайней мере, до 2010-х годов.
Первый модернизируемый МиГ-31 уже находится на летной станции в Жуковском, где оснащается новым оборудованием. В результате доработки парка истребителей МиГ-31 при участии «Русской авионики» отечественные ВВС должны получить практически новый самолет, имеющий широкий спектр боевого применения.