Система управления вооружением (СУВ) обеспечивает применение управляемых ракет "воздух-воздух" в дальнем ракетном и ближнем воздушном бою, захват и сопровождение цели из обзорных режимов РЛС и ОЛС в дальнем ракетном бою, захват и сопровождение визуально видимой цели в ближнем бою, определение госпринадлежности обнаруженной цели, а также применение управляемых и неуправляемых средств поражения класса "воздух-поверхность". Система управления вооружением включает в себя радиолокационный прицельный комплекс (РЛПК) и оптико-электронный прицельно-навигационный комплекс (ОЭПрНК).
В состав РЛПК входит импульсно-доплеровская радиолокационная станция, обеспечивающая обнаружение и сопровождение воздушных целей в свободном пространстве и на фоне земли в передней и задней полусферах, а также картографирование местности и обнаружение наземных целей. Радиолокатор может одновременно сопровождать на проходе большое количество воздушных целей и обеспечивать перехват нескольких из них, представляющих наибольшую угрозу. РЛС имеет щелевую антенну (в дальнейшем предполагается использование модификации РЛС с фазированной антенной решеткой). Для обеспечения кругового обзора воздушного пространства и применения управляемых ракет в заднюю полусферу в состав БРЭО самолета дополнительно включена небольшая РЛС заднего обзора, установленная в центральной хвостовой балке фюзеляжа. Определение государственной принадлежности обнаруженных целей осуществляется с помощью запросчика госопознавания, входящего в состав РЛПК. Работой радиолокационного прицельного комплекса управляет бортовой цифровой вычислительный комплекс.
В состав ОЭПрНК входят пилотажно-навигационный комплекс (рассмотрен отдельно), оптико-локационная станция (ОЛС), нашлемная система целеуказания (НСЦ), система управления оружием (СУО), система отображения информации (СОИ) и бортовая цифровая вычислительная система. Прицельная часть ОЭПрНК выполняет те же функции, что и РЛПК, но только в простых метеоусловиях и отличается большей точностью и лучшей помехозащищенностью. Оптико-локационная станция представляет собой комбинацию теплопеленгатора и лазерного дальномера. Теплопеленгатор обеспечивает обнаружение цели по тепловому излучению и ее угловое сопровождение, лазерный дальномер - измерение дальности до цели. Датчик ОЛС размещается в сферическом обтекателе перед фонарем кабины летчика.
Нашлемная система целеуказания позволяет производить целеуказание головкам самонаведения ракет и сканирующему устройству ОЛС путем поворота головы летчика в сторону той части пространства, где ожидается нахождение цели. Система управления оружием осуществляет в автоматическом режиме процессы пуска авиационных средств поражения с заданными интервалами и в заданной последовательности после нажатия летчиком боевой кнопки. Для применения некоторых видов управляемого вооружения класса "воздух-поверхность" самолет дополнительно комплектуется сменными контейнерами СУО. Система отображения информации обеспечивает индикацию необходимой пилотажно-навигационной и прицельной информации на индикаторе на лобовом стекле и многофункциональных индикаторах на электронно-лучевых трубках (или жидкокристаллических дисплеях). Работой ОЭПрНК управляет бортовая цифровая вычислительная система.
Наведение самолета на цель с наземного или воздушного командного пункта осуществляется посредством радиолинии бортовой аппаратуры приборного наведения.