Уже в ходе подготовки к серийному выпуску МиГ-29 появились требования по расширению возможностей для ведения радиоэлектронной борьбы. Вероятно в 1984 г. (по данным Р. А. Белякова облёт выполнил В. Н. Горбунов уже 23.12.1980 г.), взлетел сильно засекреченный прототип в рамках "программы 9", под обозначением "изделие 7". Он был оснащён системой активной постановки помех "Гардения 1". Система размещалась в увеличенном отсеке за кабиной. При этом на самолёте образовался характерный выступающий увеличенный гаргрот.
Далее, прямо в этих местах был доработан механизм управления самолётом и топливные магистрали. Объём фюзеляжного бака №1 увеличен на 130л., и воздухозаборник наддува баков был перенесён на правую сторону фюзеляжа.
На самолёте были доработаны законцовки консолей крыла и задние части "ласт" фюзеляжа. В законцовки "ласт" были встроены антенны системы постановки помех.
Конструктивные изменения коснулись и килей. На их внутренние стороны были перенесены из законцовок крыла антенны системы предупреждения об атаке сзади.
Новинкой являлось применение дополнительных подкрыльевых топливных баков для значительного увеличения дальности полёта.
На Западе узнали о версии "9-13" где-то в 1987 г., она получила обозначение "Fulcrum-C". Но расширенное её спецоборудование удавалось скрывать и в дальнейшем.
Тринадцатого февраля 1985 г. впервые взлетел прототип, доработанный в вариант "9-14". На нем изучалась возможность расширения боевых способностей при атаках наземных целей. Самолёт мог нести специальный контейнер для наведения управляемого вооружения класса "воздух-поверхность". Но сложность такой доработки, а также ограниченный ассортимент вооружений для атак наземных целей ВВС не устроили, и этот самолёт (бортовой голубой номер "407") был в 1986 г. использован для установки модернизированной системы вооружения и обозначен "9-13С". "Противоназемный" арсенал в дальнейшем успешно применили в программе "9-15", которая перешла в многоцелевой МиГ-29М.
Самолёт "9-13С" был оснащён новой системой управления стрельбой СОУ-29М4, сопряжённой с бортовым компьютером Ц-101М, что позволяло более эффективно вести огонь по воздушным и наземным целям. Радиолокационный прицел Н-019М "Топаз" способен наводить ракеты с полуактивной ГСН одновременно по двум целям. Система приспособлена и для новых активно управляемых ракет РВВ-АЕ (Р-77). Эта новая система вооружения предлагается с 1992 г. к установке на самолёты вариантов 9-12 и 9-13.
Первые серийные самолёты, переданные Советским ВВС, фактически соответствовали поздним прототипам. Но изменения начали вноситься прямо в процессе производства.
Во-первых, были упрощены створки передней ноги шасси, которые до этого состояли из четырёх частей: задняя из которых крепилась на стойке.
Сразу же отказались и от нового способа открывания фонаря на земле, который не оправдал себя, и на борт самолёта вернулась ручка, применявшаяся на МиГ-21 и МиГ-23.
Вообще-то можно разделить серийный выпуск по производственным сериям, но отдельные доработки вводились столь оперативно в производстве, что их можно определить только по серийному номеру (в т. ч. и в техописании). Например, изменение местоположения и конфигурации эксплуатационных лючков, а также место положения датчиков угла атаки и рыскания на носовой части фюзеляжа (в соответствии со встроенным оборудованием) имело место с номера 2960515125.
Далее постепенно было:
Помимо этих внешних изменений был проведён целый ряд доработок систем и оборудования самолёта.
Варианты МиГ-29, принятые на вооружение, сначала не были обозначены буквами, а только индексами "9-12" или "9-13" (9-51 - двухместный вариант). Только для экспорта имеют место буквенные индексы (по алфавиту, как это уже было, например, на МиГ-21 и МиГ-23).
Так, варианты МиГ’а для стран Варшавского договора являлись вариантом "А". Для других иностранных заказчиков был предназначен упрощённый вариант "Б". МиГ-29Б (9-12Б), например, не имеют станцию опознавания "ПАРОЛЬ 2Д".
Основной задачей МиГ-29 является ПВО небольших территорий, важных объектов и войсковых групп. При этом предполагается следующая тактика применения против воздушных целей.
Станции наземных РЛС, размещённые в 10-15 км от линии фронта (линии боевого соприкосновения), гарантируют РЛ-контроль на расстоянии почти 250 км за самолётами противника на высотах более 10000 м и 20-40 км за низколетящими целями.
МиГ-29 взлетает в дежурном режиме с аэродрома, расположенного ~ 100 км от линии фронта в течении 8 мин (max), к цели его наводят с помощью скрытого переноса дат автоматически из командного пункта (КП).
Воздушные цели (ВЦ), летящие на высотах 20000-23000 м со скоростью до 2000 км/ч и на высотах 10000-20000 со скоростью до 25000 км/ч, он может уничтожать ещё до их подхода к линии фронта. МиГ-29 при экономичном режиме набора высоты способен уничтожать быстроходные стратосферные ВЦ на расстоянии 240-250 км; а при полёте с полным форсажным режимом - на расстоянии 170-180 км от аэродрома взлёта.
На средних высотах истребитель наводят до высоты цели, для перехвата ВЦ, летящих на высотах 20000-23000 м, его наводят до высоты 16000-17000 м.
Если МиГ-29 действует против маловысотной ВЦ, то до рубежа перехвата он летит на 12000-12500 м. Здесь он переходит на высоту 3500-4000 м, на которой обеспечивается самая стабильная работа бортового РЛПК, и имеется возможность выполнения требуемого вертикального маневра. Истребитель наводится в переднюю полусферу ВЦ. Если первая атака не удается, МиГ выполняет маневр в позицию для повторной атаки.
В ноябре 1977 первый опытный МиГ-29 был заснят в Раменском американским разведывательным спутником и получил "опознавательное" обозначение RAM-L.
В январе 1986 года начали эксплуатироваться МиГ-29 на зарубежных базах СССР (в ГДР). 1 июля 1986 г. шесть МиГ-29 были впервые официально показаны западной публике во время визита летчиков 234 ИАП (Кубинка) в Финляндию на авиабазу Риссала-Куопио (Rissala-Kuopio). В августе 1988 г. МиГ-29 был самым интересным экспонатом на авиасалоне в Фарнборо (Англия).
20 мая 1989 года впервые новый самолет появился на Западе с вооружением. В этот день советский пилот Александр Зуев на высокой скорости бреющим полетом улетел на МиГ-29 в Табзон (TUBZON), Турция; где совершил посадку в 5:00 местного времени. СССР требовал вернуть самолёт вместе с пилотом, который на родине обвинялся в уголовном преступлении. Власти Турции в течении 30 часов приняли решение и вернули самолёт на базу в СССР, несмотря на протесты посольства США, которое настаивало на передаче самолёта американским специалистам для подробного изучения, мотивируя это тем, что Турция - член НАТО.
В качестве меры противодействия (как всегда, уже после ЧП) на советских базах были организованы тренировки по быстрой блокировке ВПП автомобилями.